Genau wie der Darm hat die Vagina ein eigenes Mikrobiom, um ihre Gesundheit zu unterstützen. Ein Darm ist jedoch gesund, wenn er viele verschiedene Arten von Bakterien enthält. Eine Vagina sollte so wenig wie möglich haben, idealerweise nur eine oder zwei Arten. Eine gesunde vaginale Biota besteht hauptsächlich aus Lactobacillus-Arten, einem Milchsäure produzierenden Bakterium. Dies stellt sicher, dass die Vagina sauer genug bleibt und dass Pilze, Hefen und sexuell übertragbare Krankheiten die Wirtin nicht infizieren können. Bifidobacterium-Arten sind ebenfalls häufig. Enterococcus-Arten werden teilweise toleriert. Candida und Pilze sollten im vaginalen Mikrobiom nicht erhöht sein.